柯南、少年侦探队、小兰和小五郎等人一道参加铃木列车推理题活动。

由于之前吃药变大的灰原在群马救人时的视频被波本看到，并发现其手指上戴有神秘列车车票，于是黑衣组织将在神秘列车上对灰原实施抓捕。在车上，灰原感受到黑衣组织一步步向她逼近的气氛。另一方面，世良在走道里，看到了伤疤赤井，之后叫了他几声：“秀哥”后就被他给电晕了。黑衣组织的人知道雪莉（宫野志保，即灰原哀）也在这辆列车上，就给她发了一条要求性命的短信，想要把她引出来活捉杀掉。.....