故事以武藤游戏所在年代的数十年后的童实野市为舞台，这时的童实野市已经是一个根据身份的高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，被称为“新童实野市”。决斗的发展流行用“D轮（D Wheel）”之称的摩托车型决斗装置来进行“骑乘决斗（Riding Duel）”。主人公不动游星是在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活着。因为被劲敌这时的骑乘决斗的王者——杰克·阿特拉斯，偷走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dragon）”，游星为了把最重要的星尘龙夺回，逃出了卫星区。

《游戏王5D's2009》中文剧情相对丰富。
因为该剧情在原版动画的基础上，在中国上映时添加了一些中国观众喜欢看的内容，并且还加入了一些中国元素，例如在漫画版中加入了中国古代传说的神兽和文化元素。
此外，该剧情讲述了主角游戏王车轮剑道和他的伙伴们为了打败邪恶势力而进行的一系列冒险。
通过与其他魔法卡、魔法师和神兽的战斗，他们不断成长，在最终的决战中打败了邪恶势力，保护了世界的和平。
因此，如果你是一个游戏王迷，对于游戏王的剧情感兴趣，这部动画值得一看。

《游戏王5ds2009》的中文剧情围绕着主角不久的未来城展开，城市被分为上层和下层，上层贵族们和下层的贫民之间存在着巨大的差距。

主角不久意外得到了一张神秘卡片，从而走上了一条前所未有的道路。

他参加了许多决斗，结交了许多朋友，与恶势力斗争，最终达成了他的目标。整个剧情充满着激烈的决斗、惊心动魄的场面和令人难忘的人物形象，深受游戏玩家和动漫爱好者的喜爱。